A Prefeitura Universitária é responsável por toda a manutenção da infraestrutura referente aos serviços de limpeza e conservação interna e externa dos prédios, serviços gerais, de vigilância, portaria, jardinagem, protocolo, manutenção predial e de equipamentos, assim como o controle e manutenção dos veículos da frota da Instituição; tanto para o Campus Carreiros e unidades isoladas localizadas no município do Rio Grande, como para os Campi de Santa Vitória do Palmar, São Lourenço do Sul e Santo Antônio da Patrulha.
A Prefeitura Universitária também é responsável por prestar apoio a diversas ações acadêmicas importantes, tais como: Feira do Livro da FURG, formaturas, congressos, participações da universidade em eventos de extensão fora do município sede, viabilização de aulas presenciais nos pólos de ensino a distância, entre outras.